| note.md | Obsidian | |
|---|---|---|
| 存储 | 纯 markdown 文件，本地 | 纯 markdown 文件，本地 |
| 价格 | 免费，开源 | 免费（闭源）；Sync/Publish 付费 |
| 阅读 AI 文档 | 核心工作流：干净的阅读视图，批注保留 | 通用编辑器；折腾一番也能做到 |
| 批注 | 伴生文件（sidecar）.note.md —— 原文保持干净 | 直接改原文，或装社区插件 |
| agent 支持 | 内置：AGENTS.md 约定、块级引用、批注即 agent 输入 | 靠插件和自己动手（一个流行玩法） |
| 大纲编辑 | 原生 .note.md 大纲视图 | 靠插件；Obsidian 以页面为中心 |
| 插件生态 | 小而克制，进程外，按能力授权 | 庞大 —— 数千个社区插件 |
| 移动端 | 还没有（macOS 优先） | 优秀的 iOS/Android 应用 |
| 互操作 | vault 可在 Obsidian 打开 | vault 可在 note.md 打开 |
实话实说
如果你爱 Obsidian，留着它——认真的。它是史上最成功的“文件重于应用”编辑器，插件生态无人能敌，把 Claude Code 指向一个 Obsidian vault 是这十年最棒的 DIY 玩法之一。note.md 的 vault 格式刻意保持 Obsidian 兼容，因为我们信的是同一件事：你的文件应该在任何地方都打得开。
区别在于开箱之后发生什么。Obsidian 是一个要自己组装的通用工具箱：想跑通 AI 阅读循环，你得接插件、定约定、配 agent，然后祈祷这些零件一直兼容。note.md 把这个循环当产品交付：agent 写文档，你在一个为判断而造的视图里读，你的高亮落进伴生 .note.md，永远不污染原文，而每个造访你 vault 的 agent 都会先读你的页边批注。不用组装。
伴生文件才是真正的岔路口。Obsidian 的批注住在文档内部——你自己写的笔记没问题，agent 生成、还可能重新生成的文档就尴尬了。note.md 把可再生的（AI 的文本）和不可替代的（你的判断）分开，一个文件一个文件地分。
两个都用
这不是离婚。note.md 的 vault 就是一个 markdown 文件夹：用 Obsidian 打开它看图谱、在手机上速记；用 note.md 打开它跑阅读-批注循环和 agent 工作流。两个客户端，一个事实来源。这就是文件的全部意义。
怎么选（或者不选）
- 选 Obsidian：如果你要最多的插件、移动应用和图谱视图——而且享受亲手组装自己的 AI 工作流。
- 选 note.md：如果你的日常越来越多是在读 agent 写的东西，想要批注即数据、agent 约定开箱即用，一步都不用装。
- 两个都用，同一个 vault。文件不逼你二选一。
FAQ
我能在 Obsidian 里打开 note.md 的 vault 吗？
能。note.md 的 vault 就是纯 markdown，[[wikilinks]] 按文件名解析，并刻意保持 Obsidian 兼容。伴生 .note.md 文件在那边显示为普通笔记。
用 note.md 必须离开 Obsidian 吗？
不用。两个应用指向同一个文件夹即可。很多人留着 Obsidian 做移动速记和图谱视图，用 note.md 阅读 AI 文档、写批注。
什么是伴生批注？
在 note.md 里对 xxx.md 高亮或评论时，你的批注会存进一个伴生文件 xxx.note.md。原文档保持干净、可再生；你的判断成为独立、可搜索的数据。